试管婴儿的胎停概率和自然妊娠的胎停概率没有差异。不论是试管婴儿还是自然妊娠，95%的染色体异常，胎儿都会在怀孕28周前出现胎停并流产，这是胚胎的自然淘汰过程。
一般情况下，在8周内如果胎儿有遗传问题，则会出现胎停现象。所以，女性在做完试管婴儿移植后需要定期进行检查随访，如验血β-HCG、B超等检查。具体分别在移植后4周、6周进行一次B超检查，以及时发现胎儿是否出现胎停，当到怀孕12周后发生胎停的几率相对较小。
发生胎停的原因有很多，遗传异常、解剖因素及感染因素相对多见，其它因素包括内分泌因素、免疫因素、环境因素。在这些因素中，任何一个系统的异常都会导致胎停，如果母体或者胎儿有这些方面的疾病，则无论是试管移植还是自然受孕都会导致胎停的发生。
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